代谢物
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使用 Python 从 HMDB 网站提取数据
这个程序是做什么的? 这个程序可以从人类代谢组数据库(HMDB)网站https://hmdb.ca/上获取代谢物的信息。你只需要提供一些HMDB ID,程序就会自动去网站上查找并下载相关数据。 主要功能 批量处理:可以一次处理很多HMDB ID。 数据检查:会检查你输入的ID是否正确,有没有重复的。 信息收集:从网站上获取代谢物的各种信息,比如它的分类、在人…
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利用Python从HMDB数据库批量提取质谱数据中的化合物信息
需求分析 本工具旨在帮助用户根据质谱数据(质量数),自动从HMDB数据库批量检索代谢物信息,包括HMDB ID、常用名称、化学式及结构图片等,并导出为Excel可直接打开的CSV文件,极大提升代谢物注释效率。 程序介绍 准备数据:将所有待检索的质量数写入negative.txt文件,每行一个。 运行脚本: 双击或命令行运行hmdb_metabolite_ex…
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HMDB代谢物信息一键批量获取工具:快速获取代谢组学数据
功能特性 支持批量查询HMDB代谢物信息 自动提取关键信息,包括: 代谢物描述 超类(Super Class) 类别(Class) 子类(Sub Class) 来源(Disposition) 内源性(Endogenous) 组织定位(Tissue Locations) 相关ID(KEGG、ChEBI、METLIN) 支持正负离子模式搜索 自动导出CSV格式结…
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Python自动化工具:HMDB代谢物信息一键批量获取
简介 这是一个用于从HMDB(人类代谢组数据库)批量提取代谢物信息的小工具。它可以帮助研究人员快速获取多个代谢物的详细信息,节省手动查询的时间。 功能特点 支持正负离子模式(Positive/Negative) 批量处理多个质量数 自动提取代谢物的关键信息 结果保存为Excel可直接打开的CSV文件 支持断点续传,出错自动重试 使用方法 准备输入文…